Các khu vực bờ biển phía nam thời kỳ đầu từng là những đồng bằng ngập lụt và đầm lầy. Những khu vực này đặc biệt dễ bị tổn thương bởi các cơn bão và thủy triều, người dân sinh sống trên các vùng đất cao tự nhiên bên trong các con đê được đắp cao như spits và Geestland.[25]:[302,303] Kể từ 500 TCN, con người đã xây dựng các ngọn đồi cao hơn mực nước lụt hiện tại.[25]:[306,308][26] Chỉ vào khoảng đầu trung kỳ Trung cổ năm 1200, những cư dân ở đây đã liên kết các đê tròn này thành một đường đê kéo dài dọc theo toàn bộ bờ biển, qua đó biến những khu vực lân cận giữa đất liền và biển thành những vùng đất vững chắc cho định cư lâu dài.[25]

Các dạng đê hiện đại được xây dựng bổ sung thêm bởi các đê tràn và kênh dẫn dòng bắt đầu xuất hiện trong thế kỷ 17 và 18, được xây dựng ở Hà Lan.[27] Các trận lụt ở biển Bắc trong các năm 1953 và 1962 đã thúc đẩy việc tôn cao thêm các con đê cũng như rút ngắn đường bờ biển nhằm làm giảm diện tích chịu tác động của các cơn bão và sự tàn phá của biển.[28] Hiện tại, 27% diện tích của Hà Lan nằm dưới mực nước biển được bảo vệ bằng các con đê, cồn cát và các bãi biển thoải.[29]

Quản lý bờ biển ngày nay bao gồm nhiều mức độ khác nhau.[30] Sườn đê thoải sẽ làm giảm năng lượng tấn công vào bờ của sóng biển vì thế bản thân đê sẽ không tiếp nhận toàn bộ tác động từ nguồn năng lượng này.[30] Các con đê nằm ngay tại bờ biển nhằm củng cố sự ổn định của bờ.[30] Các con đê, qua nhiều năm, được nâng lên nhiều lần, đôi khi lên đến 9 mét (30 ft) và được làm phẳng hơn để giảm xâm thực của sóng biển.[31][32] Ở những nơi mà cồn cát đủ bền để bảo vệ vùng đất phía sau nó, thì trên đó người ta trồng các loài cỏ để bảo vệ chúng từ sự xâm thực do gió, nước và giao thông.[33]

Nước dâng do bão

Nước dâng do bão đặc biệt đe dọa các bờ biển của Hà Lan, Bỉ, Đức và Đan Mạch và những vùng đất thấp ở miền đông nước Anh đặc biệt là khu vực xung quanh The Wash và Fens.[24]Nước dâng do bão gây ra bởi sự thay đổi áp suất khí quyển kết hợp với gió mạnh tạo ra sóng trên bề mặt biển.[34]

Nước dâng do bão được ghi nhận đầu tiên tại Julianenflut, vào ngày 17 tháng 2 năm 1164, và Jadebusen (một vịnh thuộc Đức) bắt đầu hình thành.Lần nước dâng do bão năm 1228 được ghi nhận là đã cướp đi sinh mạng của hơn 100.000 người.[35] Năm 1362, trận lụt Second Marcellus, hay còn được gọi là Grote Manndränke, đã tấn công toàn bộ bờ biển phía nam của biển Bắc. Các biên niên sử một lần nữa ghi nhận có hơn 100.000 người thiệt mạng làm cho nhiều phần bờ biển rộng lớn bị nhấn chìm vĩnh viễn dưới mực nước biển bao gồm cả thành phố bị mất tích huyền thoại Rungholt.[36] Trong thế kỷ 20, trận lụt biển Bắc năm 1953 đã làm ngập lụt nhiều bờ biển của các quốc gia và gây thiệt mạng hơn 2.000 người.[37]315 công dân của Hamburg thiệt mạng trong trận lụt biển Bắc năm 1962.[38]:[79,86]

Sóng thần

Mặc dù hiếm gặp sóng thần nhưng biển Bắc là nơi có hoạt động sóng thần đã được ghi nhận. Storegga Slide là một loạt các vụ trượt lở dưới nước, chúng là một phần thuộc thềm lục địa Na Uy. Các vụ trượt lở lớn đã xảy ra giữa 8150 TCN và 6000 TCN, và gây nên sóng thần cao đến 20 mét (66 ft) quét qua biển Bắc, gây ảnh hưởng nặng nề đối với Scotland và quần đảo Faroe.[39][40]Trận động đất eo biển Dover, 1580 nằm trong số các trận động đất được ghi nhận đầu tiên ở biển Bắc có độ lớn trong khoảng 5,6 đến 5,9 theo thang độ lớn Richter. Sự kiện này gây nên sự phá hủy nặng nề ở Calais bởi chấn động của nó và có thể từ sóng thần, mặc dù việc này chưa bao giờ được xác nhận. Một giả thuyết là đã có sự trượt lở lớn dưới nước thuộc eo biển Manche do động đất, và vụ trượt lớn này lại gây nên sóng thần.[41] Một đợt sóng thần tấn công khu vực này từ trận động đất Lisboa 1755 ảnh hưởng đến Hà Lan, mặc dù các đợt sóng đã mất năng lượng không đủ gây phá hoại đến khu vực này. Trận động đất lớn nhất từng được ghi nhận tại vương quốc Anh năm 1931 tại Dogger Bank có độ lớn 6,1 theo thang Richter và gây nên đợt sóng thần nhỏ làm ngập lụt một số bờ biển của Anh.[41][42]